Autoentrepreneur, puis-je prendre un arrêt maladie ?

Date : 
21
December
2021
Durée : 
7
 min
Écrit le 
21
December
2021
 -  
Mis à jour le 
14
January
2026
Temps de lecture : 
7
 minute
 minutes
arret maladie auto entrepreneur
En Bref

Artisan, commerçant, profession libérale ou chef d’entreprise, vous êtes dans l’incapacité de reprendre votre activité en raison de votre état de santé ? Afin de vous permettre de prétendre à une indemnisation par votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM), votre médecin vous a sans doute prescrit un arrêt de travail.

Mais en tant qu’autoentrepreneur, est-ce seulement possible ? Le cas échéant, quelles sont les démarches à effectuer en ce sens ? Voici tout ce qu’il faut savoir sur l’arrêt maladie de l’autoentrepreneur.

Que se passe-t-il en cas d'arrêt maladie pour un autoentrepreneur ?

Il existe 2 cas de figure :

  • L’autoentrepreneur exerce sous le statut de dirigeant assimilé salarié, auquel cas il est rattaché au régime général de la Sécurité sociale ;
  • L’autoentrepreneur exerce sous le statut de travailleur non-salarié (TNS), dit aussi travailleur indépendant, auquel cas, il est rattaché à la Sécurité sociale des indépendants ou SSI.

Ainsi, pour les dirigeants assimilés salariés, les conditions d’indemnisation sont équivalentes à celles des salariés sauf pour le chômage. Concernant les travailleurs non-salariés les règles d’indemnisation sont spécifiques, mais nous y reviendrons.

<div class="article-highlight_component"><div class="article-highlight_emoji is_hand"></div><p><strong class="bold-text">Assimilés salariés vs TNS.</strong ></p><p class="highlight-text_margin-top">Sont considérés comme assimilés salariés :<br/><ul><li><span class="label">les présidents de SAS ou de SASU,</span></li><li><span class="label">les présidents, directeurs généraux et directeurs généraux délégués de SA</li><li><span class="label">les gérants minoritaires ou égalitaires de SARL,</li><li><span class="label">les gérants non-associés d’EURL,</li><li><span class="label">les gérants non associés rémunérés de société de personnes.</li></ul></p><p class="highlight-text_margin-top">Sont considérés comme TNS :<br/><ul><li><span class="label">les gérants d’EIRL,</span></li><li><span class="label">les gérants associés uniques et chefs d’EURL,</li><li><span class="label">les gérants majoritaires de SARL,</li><li><span class="label">les associés de SNC.</li></ul></p><p class="highlight-text_margin-top">Lorsque l’on parle de TNS, on fait en principe référence aux artisans, commerçants, autoentrepreneurs et professions libérales.</p></div>

À noter qu’il existe d’autres régimes d’affiliation, comme CARMF pour les médecins ou la CARPIMKO pour les auxiliaires médicaux. Chacun dispose de ses propres règles en matière de couverture sociale.

Comment déclarer un arrêt maladie en tant qu’autoentrepreneur ?

Deux situations peuvent se présenter :

  • Votre médecin établit la prescription d’arrêt de travail en ligne.
    Les volets 1 et 2 seront directement transmis à votre CPAM. Votre médecin vous délivrera uniquement le volet 3.
  • Votre médecin établit la prescription d’arrêt de travail sur un formulaire papier.
    Vous devez adresser à votre caisse, par courrier postal, les volets 1 et 2 dans un délai maximum de 48 h.

<div class="article-highlight_component"><div class="article-highlight_emoji"></div><p><strong class="bold-text">Que devient le volet 3 ?</strong></p><p><p class="highlight-text_margin-top">Ce volet, à transmettre normalement par le salarié à son employeur, est à conserver par l’autoentrepreneur. À moins de toucher ou d’être susceptible de toucher l’allocation des travailleurs indépendants (ATI). Dans ce cas, il doit le faire parvenir à son agence Pôle emploi, toujours sous le même délai de 48 h.</p><p class="highlight-text_margin-top">Ce n’est pas tout ! En parallèle, n’oubliez pas de transmettre à votre caisse votre notification d’admission à Pôle emploi, sans oublier votre dernier relevé de situation, pour le calcul de votre indemnisation.</p></div>

Le bon respect de ce délai est capital. Il en va de votre niveau d’indemnisation. En cas de retard, le montant de vos indemnités peut être drastiquement réduit. Le risque : si vous n’avez toujours pas fait parvenir votre arrêt de travail lorsque celui-ci touche à sa fin, aucune indemnité ne vous sera versée. En cas d’hospitalisation – ou tout autre motif indépendant de votre volonté – vous empêchant de respecter le délai de 48 h, pensez à joindre à votre envoi un courrier explicatif accompagné, si possible, de justificatifs.

Arrêt maladie : comment est indemnisé un autoentrepreneur ?

En cas d’arrêt maladie, l’auto-entrepreneur peut percevoir des indemnités journalières (IJ) versées par l’Assurance Maladie. Leur objectif est de compenser partiellement la perte de revenus liée à l’incapacité de travailler.
Mais attention : cette indemnisation n’est ni automatique, ni intégrale, et reste soumise à plusieurs conditions strictes.

Pour être indemnisé, l’auto-entrepreneur doit notamment :

  • être affilié au régime de la Sécurité sociale des indépendants depuis au moins 12 mois ;
  • être reconnu en incapacité temporaire de travail par un médecin ;
  • cesser totalement son activité pendant toute la durée de l’arrêt ;
  • justifier d’un revenu annuel moyen suffisant, calculé sur les trois dernières années d’activité, et atteignant au minimum un seuil fixé en pourcentage du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS) en vigueur.

👉 En pratique, cela signifie que les auto-entrepreneurs ayant une activité récente, irrégulière ou faiblement rémunérée peuvent se retrouver sans aucune indemnisation, malgré un arrêt de travail médicalement justifié.

Reprise d’activité après un arrêt : quelles démarches pour l’autoentrepreneur ?

Si l’auto-entrepreneur reprend son activité à la date prévue de fin d’arrêt, aucune démarche particulière n’est requise.

En revanche, en cas de reprise anticipée, il doit impérativement informer sa caisse d’Assurance Maladie dans un délai de 24 heures. À défaut, il s’expose à une remise en cause de son indemnisation.

Le médecin peut également prescrire un temps partiel thérapeutique, lorsque la reprise progressive de l’activité est jugée bénéfique. Dans ce cas :

  • les indemnités journalières peuvent être maintenues partiellement ;
  • un arrêt de travail initial indemnisé à temps complet est en principe requis (sauf situation particulière, notamment en cas d’ALD) ;
  • la durée d’indemnisation en temps partiel thérapeutique reste limitée dans le temps et encadrée par la caisse.

👉 Les modalités exactes pouvant varier selon les situations individuelles, il est fortement recommandé de se rapprocher de sa caisse pour connaître les conditions applicables.

Fin d’arrêt maladie autoentrepreneur : quelles conséquences en cas de prolongation ?

Maintenant, si votre médecin juge que votre état de santé n’est pas compatible avec une reprise d’activité, il peut décider de prolonger votre arrêt de travail. Si vous êtes affilié à la SSI, vous pouvez percevoir des indemnités journalières sur 360 jours par tranche de 3 ans, comme les salariés. Si en revanche, vous appartenez à un autre régime (CIPAV, régime des professions libérales…), votre indemnisation prendra fin après 90 jours consécutifs d’arrêt de travail. En clair, vos pertes de revenus ne seront plus du tout compensées.

<div class="article-highlight_component"><div class="article-highlight_emoji"></div><p>Le service social de l’Assurance Maladie vous accompagne</p><p class="highlight-text_margin-top">Les assistants de service social de l’Assurance Maladie peuvent vous aider à trouver des solutions (possibilités de reconversion professionnelle, aides possibles lors d’un retour à domicile en cas d’hospitalisation…). Vous pouvez les contacter par mail depuis votre compte Ameli, par téléphone en composant le 3646, ou en vous rendant directement dans votre Caisse primaire d’Assurance Maladie.</p></div>

Vous ne pourrez alors plus compter que sur votre assurance prévoyance, si bien sûr vous en avez souscrit une.      Selon les modalités prévues, votre salaire sera maintenu en totalité ou en partie (50 %, 70 %...). À vous de choisir !

Votre perte de salaire peut être compensée de deux manières :

  • Via le versement d’IJ, en cas d’incapacité temporaire ;
  • Via le versement d’une rente, en cas d’invalidité.

Il existe aussi bien souvent un délai de franchise. Il s’agit, cette fois, de la durée pendant laquelle le risque maladie effectivement couvert n’est pas indemnisé par l’assureur. Cette période d’attente est plus ou moins longue suivant les contrats.

Nous l’avons vu, les pertes de revenus consécutives à l’arrêt maladie d’un autoentrepreneur sont indemnisables jusqu’à un certain seuil et dans une certaine limite de temps. En fonction des risques liés à votre activité, de votre état de santé (pathologies connues) et de votre situation familiale, souscrire une assurance prévoyance peut-être une sage décision. Stello, spécialisée dans l’assurance entrepreneuriale, se tient à vos côtés pour trouver la meilleure couverture, au juste prix.

<div class="article-highlight_component"><div class="article-highlight_emoji"></div><p>Ce qu’il faut retenir sur l’arrêt maladie autoentrepreneur :<ul><li><span class="label">Les travailleurs non-salariés perçoivent sous conditions des indemnités journalières, ce qui n’est jamais le cas des travailleurs indépendants.</span></li><li><span class="label">Durée maximale d’indemnisation : 90 jours consécutifs.</li><li><span class="label">Trois possibilités à la fin de l’arrêt de travail, comme pour les salariés : reprise normale d’activité, mi-temps thérapeutique, prolongation d’arrêt.</li></ul></p></div>

À découvrir ensuite

Ces contenus pourraient vous intéresser !

Indépendant : que se passe-t-il si je tombe malade 2 mois sans revenus et sans prévoyance ?

Que se passe-t-il si je tombe malade pendant deux mois et que je ne peux plus travailler ? Stello répond à toutes ces questions

Comment faire face aux imprévus quand on est à son compte ?

Comment profiter de tous les avantages de la vie de freelance en minimisant les risques ? Stello a rassemblé ses meilleurs conseils pour vous permettre d’anticiper !

Allocation des travailleurs indépendants (ATI) : Qui peut en bénéficier ?

L’allocation des travailleurs indépendants (ATI) est versée aux travailleurs non salariés qui perdent leur activité. Elle est d’environ 800 € par mois.

Auto-entrepreneur : quelles garanties en cas d'accident de travail ?

Bien que vous n’ayez pas la protection sociale équivalente aux salariés, vous pouvez toucher des indemnités en cas d’arrêt de travail.

Tout sur le contrat de prévoyance Madelin

Le contrat de prévoyance Madelin, s'adresse aux TNS souhaitant souscrire des garanties en cas de décès, d'arrêt de travail et d'invalidité.

Invalidité auto-entrepreneur, comment être bien couvert ?

Selon la Sécurité Sociale, vous êtes considéré comme invalide si votre capacité de travail ou de gain est réduite de 66 %.

Qu’est-ce que le RSI ?

Le Régime social des indépendants (RSI) est l’ancien régime qui s’occupait de la protection sociale des indépendants.

Le congé maternité des auto-entrepreneurs

La prise en charge des soins pour les grossesses des auto-entrepreneuses s’aligne depuis janvier 2020 sur celle offerte aux salariées.

Les indemnités journalières des auto-entrepreneurs

En tant qu'auto-entrepreneur, comme tout le monde, vous n'êtes pas à l'abri d'un accident ou d'un arrêt maladie.

Maintien de salaire : évitez les pertes de revenus

Y a-t-il des prérequis pour obtenir un maintien de salaire en tant qu’autoentrepreneur ? À quel niveau d’indemnités peut-on prétendre ? Toutes les réponses ici.

Autoentrepreneur, puis-je prendre un arrêt maladie ?

L’autoentrepreneur se voit verser des indemnités journalières visant à compenser, les revenus ou allocations-chômage qu’il ne touche plus.